Dva su izvora molibdena u okolišu

(1) Vremenom se oslobađa molibden iz stijena. Procjenjuje se da 1,000 tona svake godine uđe u vodena tijela i tlo i migrira kroz okoliš. Neravnomjerna raspodjela molibdena uzrokuje u nekim područjima "bolesti tla i vode" zbog nedostatka molibdena, a u nekim područjima "bolesti gihta" (npr. Armenija) zbog visokog sadržaja molibdena.
(ii) Šira primjena molibdena u ljudskim aktivnostima i izgaranje fosilnih goriva koja sadrže molibden (npr. ugljen) povećali su količinu molibdena koja cirkulira u okolišu. Svjetska proizvodnja molibdena je 100,000 tona godišnje, a 800 tona molibdena se spali i ispusti u okoliš svake godine. Količina molibdena dodana u ciklus ljudskim aktivnostima premašuje prirodni ciklus. Industrije koje najviše koriste molibden su metalurgija, elektronika, projektili i svemir, atomska energija, kemija i poljoprivreda. Onečišćenje molibdenom nije dovoljno proučeno.

Prijenos molibdena u okolišu povezan je s oksidacijskim i redukcijskim uvjetima, kiselošću i lužnatošću okoliša te utjecajem drugih medija. Što su voda i tlo oksidativniji i alkalniji, molibden lakše stvara ione MoO; biljke mogu preuzeti molibden u ovom stanju. Povećava se kiselost okoliša ili se povećava reduktivnost, molibden se lako pretvara u složene ione, te na kraju stvara MoO; ovo stanje molibdena lako se fiksira glinom i koloidima tla i huminskom kiselinom te postaje neaktivan i biljke ga ne mogu apsorbirati. U oceanu, reducirajuće okruženje dubokog mora uzrokuje adsorpciju molibdena od strane organskih tvari, a zatim omotanu u koloide koji sadrže mangan, na kraju stvarajući kvržice koje tonu na dno mora i uklanjaju se iz ciklusa biosfere.
Molibden ima slab utjecaj na toplokrvne životinje i ribe. Visoke razine molibdena imaju negativan učinak na biljke, testovi pokazuju da: koncentracija molibdena od 0.5 ~ 100 mg / litra kada će rast lana imati različite stupnjeve utjecaja; 10 ~ 20 mg / litra kada rast soje ima štetan učinak; 25 ~ 35 mg / litri kada je rast pamuka blago štetan; 40 mg / litri kada rast šećerne repe imaju štetan učinak. Kada koncentracija molibdena u vodi dosegne 5 mg/l, biološko samopročišćavanje vode bit će inhibirano; kada je 10 mg/l, ovaj učinak će biti još više inhibiran, a voda ima jak opor okus; kada je 100 mg/l, rast mikroba u vodenom tijelu usporava, a voda ima gorak okus. Kina propisuje da je najveća dopuštena koncentracija molibdena u podzemnoj vodi 0,5 mg/l, najveća dopuštena koncentracija topivog molibdena u zraku radionica je 4 mg/m3; a netopljivog molibdena je 6 mg/m3.